CLM ou CLD : 5 ans de congé contre la perte de toutes vos primes

Cet article concerne les fonctionnaires titulaires et stagiaires des trois versants : État (FPE), territoriale (FPT) et hospitalière (FPH). Les agents contractuels relèvent d'un autre dispositif, qui n'est pas traité ici.

Quand un arrêt s'installe, votre administration finit par vous parler de « longue maladie » ou de « longue durée ». Les deux sigles se ressemblent, les deux congés se demandent au même endroit, et on laisse souvent croire qu'il s'agit du même dispositif avec deux durées.

C'est faux, et l'écart se paie. Le congé de longue durée n'est ouvert que pour cinq maladies précises, ne s'obtient qu'une fois par catégorie d'affection dans toute une carrière, et supprime des éléments de rémunération que le congé de longue maladie conserve. En échange, il paie plein traitement trois ans quand l'autre s'arrête à un an. Et le moment de trancher arrive tôt : à la fin de votre première année de CLM à plein traitement.

Deux congés, deux portes d'entrée

Le congé de longue maladie (CLM) s'adresse à une situation, pas à une liste de maladies : il faut être atteint d'une maladie qui vous met dans l'impossibilité d'exercer vos fonctions, rend nécessaire un traitement et des soins prolongés, et présente un caractère invalidant et de gravité confirmée. Un arrêté fixe bien une liste de maladies y ouvrant droit, mais elle n'est pas limitative : un CLM peut être accordé pour une autre maladie après avis du conseil médical.

Le congé de longue durée (CLD) est une porte étroite. Cinq catégories d'affections seulement y ouvrent droit :

affection cancéreuse
déficit immunitaire grave et acquis
maladie mentale
poliomyélite
tuberculose

En dehors de ces cinq catégories, la question du CLD ne se pose pas : votre parcours est celui du CLM, quelle que soit la gravité de votre état.

Les deux congés supposent d'être en position d'activité ou de détachement et sont ouverts aux titulaires comme aux stagiaires. Dans les deux cas, votre administration peut prendre l'initiative de vous y placer : vous n'êtes pas toujours à l'origine de la demande.

Trois ans d'un côté, cinq ans de l'autre

Le CLM dure trois ans au maximum, accordé ou renouvelé par périodes de six mois, en continu ou en discontinu si votre maladie nécessite des soins périodiques. Une fois les trois ans épuisés, un nouveau CLM suppose d'avoir repris vos fonctions pendant au moins un an.

Le CLD dure cinq ans au maximum, également par périodes de six mois. Mais il vient avec une règle que peu de gens connaissent avant de la subir : vous ne pouvez obtenir qu'un seul CLD de cinq ans par catégorie d'affection au cours de toute votre carrière. Si vous n'avez pas épuisé les cinq ans pour une catégorie donnée, vous pouvez y revenir pour une affection de la même catégorie ; si vous contractez une affection d'une catégorie différente, vous avez droit à l'intégralité d'un nouveau CLD de cinq ans. Le CLD est donc un capital-temps qui se consomme une fois, pas un droit qui se recharge.

La rémunération : c'est là que l'écart se creuse

Les chiffres diffèrent selon votre versant. Repérez le vôtre.

Le traitement indiciaire en CLM est versé à 100 % pendant un an, puis à 60 % les deux années suivantes pour un fonctionnaire d'État, et à 50 % pour un territorial ou un hospitalier.

Le traitement indiciaire en CLD est versé à 100 % pendant trois ans, puis à 50 % les deux années suivantes — cette fois la règle est la même dans les trois versants.

Sur le seul traitement, le CLD est donc nettement plus protecteur : trois ans à taux plein contre un. Mais les autres lignes de votre bulletin racontent l'inverse.

L'indemnité de résidence et le supplément familial de traitement (SFT) sont maintenus à 100 % pendant toute la durée du congé, en CLM comme en CLD. La nouvelle bonification indiciaire (NBI), elle, suit le traitement en CLM (100 % un an, puis 60 % à l'État et 50 % en territoriale et hospitalière, tant que vous n'êtes pas remplacé dans vos fonctions) — mais en CLD, elle n'est plus versée du tout.

Les primes et indemnités sont le point le plus dur. Pour un fonctionnaire d'État, elles sont versées à 33 % pendant un an de CLM puis à 60 % les deux années suivantes ; en CLD, elles ne sont plus versées. Pour un territorial, leur suspension ou leur maintien est fixé par délibération de la collectivité : c'est votre employeur qu'il faut interroger, et la réponse varie d'une collectivité à l'autre. Pour un hospitalier, l'indemnité de sujétion spéciale (ISS) suit le traitement : 100 % un an puis 50 % en CLM, 100 % trois ans puis 50 % en CLD.

Si les primes pèsent lourd dans votre rémunération, le CLD peut donc se révéler moins avantageux que le CLM malgré ses trois ans à plein traitement. Faites le calcul sur votre bulletin.

Dans les deux cas, les frais des examens demandés par votre administration et les honoraires du médecin agréé sont pris en charge par l'administration, et vos frais de transport pour vous y rendre sont remboursés sur justificatifs.

La bascule : le vrai moment de décision

Le CLD est attribué à la fin de votre première année de CLM rémunérée à plein traitement. Cette première année de CLM est alors considérée comme une période de CLD : elle s'impute sur vos cinq ans. Si vous avez déjà épuisé cette année à plein traitement, vous pouvez être placé directement en CLD.

À ce moment-là, vous avez le choix : passer en CLD, ou rester en CLM. Votre administration se prononce après avis du conseil médical.

Le piège est dans la seconde option. Si vous obtenez la prolongation de votre CLM, vous ne pouvez plus bénéficier d'un CLD pour la même pathologie tant que vous n'avez pas repris vos fonctions au moins un an. Rester en CLM ferme donc la porte du CLD pour cette maladie — pas définitivement, mais au prix d'une année complète de reprise effective, rarement réaliste quand on est en longue maladie.

Autre point de calendrier : la date de début de votre CLD est celle de la première constatation médicale de votre maladie, et votre CLM est requalifié en CLD. Ce n'est pas la date de votre demande.

Enfin, si vous demandez votre mise en CLM ou en CLD après avoir épuisé vos droits à congé de maladie, vous êtes placé provisoirement en disponibilité d'office pour raison de santé pendant toute l'instruction. Vous percevez alors une indemnité égale au traitement indiciaire, et le cas échéant aux primes, que vous perceviez à la fin de la dernière période de CLM. Vous n'êtes donc pas sans ressources — mais vous êtes dans un statut provisoire, et il faut savoir le nommer face à votre DRH.

Ce que ça change pour votre retraite

C'est la question qui revient le plus souvent, et la réponse est plus favorable que ce que la baisse de traitement laisse craindre.

Les périodes de CLM et de CLD sont prises en compte pour la retraite, c'est écrit noir sur blanc sur les deux fiches officielles. Et votre avancement continue : le temps passé en CLM comme en CLD est sans effet sur vos droits à avancement d'échelon et de grade.

Ces deux points se combinent avec la façon dont la CNRACL calcule la pension. Le traitement servant de base est celui soumis à retenue afférent à l'indice correspondant à l'emploi, au grade, à la classe et à l'échelon effectivement détenus depuis six mois au moins au moment de la cessation des services ; primes et indemnités en sont exclues. La formule : traitement indiciaire brut × (75 % × trimestres acquis / trimestres nécessaires au taux maximal), puis éventuelle décote ou surcote.

Conséquence concrète : votre pension se calcule sur l'indice que vous détenez, pas sur la somme réellement virée sur votre compte. Passer à 50 % ou 60 % du traitement pendant deux ans n'écrase donc pas l'assiette de votre pension — et comme l'avancement continue, l'indice peut même progresser pendant le congé. La perte est lourde sur votre trésorerie du moment ; elle ne se répercute pas mécaniquement sur votre retraite de base.

Le vrai point de vigilance est ailleurs : la carrière longue. Ce départ anticipé exige une durée d'assurance cotisée, tous régimes confondus. Or les congés maladie statutaires ne sont retenus dans cette durée cotisée que dans la limite de 4 trimestres — maladie ordinaire, longue maladie, longue durée et CITIS confondus.

Un CLD de cinq ans représente vingt trimestres : quatre au maximum compteront comme cotisés. Si votre projet de départ reposait sur la carrière longue, un congé long peut le décaler de plusieurs années. C'est le calcul à refaire en priorité avec votre employeur.

La durée d'assurance requise a par ailleurs bougé : la suspension de la réforme de 2023 s'applique aux pensions prenant effet à compter du 1er septembre 2026 et abaisse le nombre de trimestres exigés pour certaines générations. En catégorie sédentaire, les agents nés en 1969 et après partent à 64 ans avec 172 trimestres, contre 62 ans et 9 mois avec 170 trimestres pour les générations 1963 et 1964. Vérifiez votre ligne : elle a pu changer.

Enfin, les périodes de CLM et de CLD ne donnent pas droit à des RTT — mais vos congés annuels, eux, ne sont pas réduits.

Ce qui vous attend à la fin du congé

Pour reprendre, vous devez fournir un certificat médical d'aptitude. Si vous avez consommé la durée maximale — trois ans de CLM ou cinq ans de CLD — la reprise est en plus soumise à l'avis favorable du conseil médical, comme lorsque vos fonctions exigent des conditions de santé particulières.

Si vous ne pouvez pas reprendre vos fonctions antérieures, votre situation passe devant le conseil médical. Quatre issues pour un titulaire :

un reclassement sur un emploi compatible avec votre état de santé
une période de préparation au reclassement, pour vous qualifier pour de nouvelles fonctions
une disponibilité d'office, si le conseil médical estime que votre état peut évoluer favorablement
l'admission à la retraite pour invalidité, quels que soient votre âge et votre nombre de trimestres, si vous êtes reconnu définitivement inapte à tout emploi

Cette dernière voie a ses propres règles : nous les détaillons dans notre article sur la retraite pour invalidité CNRACL.

Attention : refuser le ou les postes proposés sans motif valable lié à votre état de santé peut mener à un licenciement, après avis de la commission administrative paritaire. Pour un stagiaire, les issues diffèrent : congé non rémunéré d'un an maximum renouvelable deux fois, ou licenciement en cas d'impossibilité définitive et absolue de reprendre.

Si votre maladie vient de votre travail, ce n'est ni le CLM ni le CLD qu'il faut viser en premier, mais la reconnaissance de l'imputabilité au service. Nous expliquons qui doit prouver quoi dans notre article sur la maladie imputable au service.

Vos obligations pendant le congé

Identiques en CLM et en CLD, leur non-respect coupe votre rémunération jusqu'à régularisation : cesser tout travail rémunéré (sauf activités ordonnées et contrôlées médicalement), signaler tout changement de domicile et toute absence de plus de deux semaines hors hospitalisation, vous soumettre aux visites de contrôle. En cas d'absence injustifiée à un contrôle administratif, la rémunération est interrompue jusqu'à la fin de l'arrêt — et ces périodes non payées comptent quand même dans la durée de congé consommée. Vous perdez l'argent sans gagner du temps. Un examen par un médecin agréé est par ailleurs imposé une fois par an au moins, et le refuser interrompt aussi votre paie.

Prochaines étapes concrètes

Identifiez votre versant (État, territoriale, hospitalière) avant tout calcul : les taux et le sort des primes n'y sont pas les mêmes.
Sortez votre dernier bulletin de paie et isolez le montant des primes. C'est ce chiffre, pas le principe, qui décide si le CLD est intéressant pour vous.
Si vous êtes territorial, demandez la délibération de votre collectivité sur le maintien des primes. Sans elle, vous ne pouvez pas chiffrer votre CLD.
Repérez la date de votre première constatation médicale : c'est le point de départ d'un éventuel CLD.
Notez la fin de votre première année de CLM à plein traitement. C'est votre fenêtre de décision entre prolonger le CLM et basculer en CLD. Elle ne se rouvre pas.
Demandez à votre RH un point sur votre durée d'assurance cotisée, surtout si vous visiez une carrière longue : au-delà de 4 trimestres, votre congé ne compte plus pour ce dispositif.
Si votre maladie vient du service, engagez la demande d'imputabilité en parallèle, sans attendre la fin du congé.

Cet article est informatif et ne constitue pas un conseil juridique. Les règles décrites sont celles publiées par Service-Public.fr et la CNRACL à la date de rédaction ; votre situation peut comporter des particularités que seul votre employeur ou votre caisse peut trancher. Mis à jour le 6 septembre 2026.