Arrêts longs : motif obligatoire et contrôle médical dès 3 mois au 1er septembre

On a beaucoup parlé du plafonnement des arrêts à 31 jours (et 62 jours par prolongation) au 1er septembre 2026. Deux autres mesures des décrets du 12 juin 2026 entrent en vigueur le même jour, et elles concernent directement les arrêts longs.

Le motif de l'arrêt devient obligatoire

À partir du 1er septembre, le prescripteur devra indiquer le motif de l'arrêt sur la prescription, à des fins de contrôle par l'Assurance maladie. Jusqu'ici cette mention n'était pas systématique. Concrètement, votre pathologie sera identifiée dès la prescription dans les données transmises à la CPAM.

Le contrôle médical peut être saisi dès 3 mois

Le décret n° 2026-499 fixe à trois mois de renouvellement continu le seuil à partir duquel le prescripteur peut solliciter l'avis du service du contrôle médical de l'Assurance maladie. Si vous êtes en arrêt depuis plusieurs mois, un passage devant le médecin-conseil devient donc plus probable. La Cnam annonce par ailleurs une attention particulière en 2026 sur les arrêts longs, les arrêts prescrits en téléconsultation et les arrêts courts répétés.

Des dérogations restent possibles

Votre médecin peut dépasser les plafonds de durée s'il justifie sur la prescription la nécessité d'un arrêt plus long au regard de votre situation, en tenant compte des recommandations de la HAS quand elles existent. Les arrêts en cours au 1er septembre ne sont pas concernés par les nouveaux plafonds.

Ce que vous pouvez faire

Anticipez vos rendez-vous de prolongation : avec des arrêts initiaux limités à un mois, un retard de consultation crée un trou dans le versement des indemnités journalières. Et préparez votre dossier médical (comptes rendus, examens, avis de spécialistes) en vue d'une éventuelle convocation du médecin-conseil : c'est ce qui pèse le plus dans la décision.

À noter : ni le montant des indemnités journalières ni le délai de carence de trois jours ne changent.