Fonction publique : nouvelles règles pour les arrêts maladie longs et le mi-temps thérapeutique

Le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026, publié au Journal officiel du 31 juillet, réforme les congés pour raisons de santé des agents publics : fonctionnaires et contractuels des trois versants, ainsi que les ouvriers de l'État. Deux vagues d'entrée en vigueur.

Ce qui change au 1er août 2026 : le temps partiel thérapeutique

L'employeur dispose désormais de 30 jours maximum pour statuer sur une demande de temps partiel thérapeutique (TPT) ; en cas de reprise après un congé maladie long, la mise en place se fait sans délai. Le TPT peut être accordé jusqu'à un an sans périodicité obligatoire. Un refus pour motif médical suppose l'avis d'un médecin agréé ; un refus pour nécessités de service impose un entretien préalable et doit être motivé. Si vous contestez les conclusions du médecin agréé en cours de TPT, vos droits sont maintenus jusqu'à l'avis du conseil médical. Les conditions médicales, les quotités de travail et les règles de rémunération ne changent pas.

Ce qui change au 1er septembre 2026 : les arrêts de travail

La fonction publique s'aligne sur le régime général : formulaire Cerfa sécurisé obligatoire, durée plafonnée à un mois pour une première prescription et deux mois pour une prolongation (dérogations possibles au vu de votre situation médicale), maintien de rémunération conditionné à une prolongation par le prescripteur initial, et contrôles de présence au domicile pouvant entraîner la suspension de la rémunération en cas de refus ou d'absence injustifiée.

Deux nouveaux droits pour les arrêts longs

Une indemnité d'attente est créée pour les agents en fin de droits à congé de maladie ordinaire qui attendent l'attribution d'un congé de longue maladie ou de longue durée — de quoi éviter les ruptures de ressources quand l'avis du conseil médical tarde. Par ailleurs, il devient possible de commencer ou poursuivre une formation pendant un congé pour raisons de santé, sous réserve d'un avis favorable du médecin agréé. Un dispositif de visite de reprise complétera l'ensemble à partir de 2028.

Pourquoi ça vous concerne

Si vous êtes agent public en arrêt longue durée, deux réflexes : faites établir vos prolongations par le médecin qui a prescrit l'arrêt initial, sous peine de voir votre rémunération interrompue, et vérifiez auprès de votre employeur si vous relevez de l'indemnité d'attente en cas de bascule vers un CLM ou un CLD.